Denarnica EUDI je zasnovana tako, da zaščita podatkov ne temelji le na zaupanju, temveč je zavarovana s tehničnimi mehanizmi. Cilj je zagotoviti, da uporabniki delijo le tiste podatke, ki so dejansko potrebni za določen primer uporabe.

V ta namen se uporabljajo sodobne kriptografske metode, kot so dokazi z ničelno vednostjo. Tako je na primer mogoče dokazati, da je oseba starejša od 18 let, ne da bi razkrili njen dejanski datum rojstva. Storitev prejme le zahtevano dokazilo, ne pa tudi osnovnih osebnih podatkov.

V številnih primerih uporabe prvotni podatki ostanejo v denarnici EUDI v uporabnikovi napravi. Platforma, ki zahteva podatke, ima tehnični dostop samo do podatkov, ki so bili izrecno odobreni.

Zato denarnica EUDI ne ponuja le organizacijskih ukrepov za varstvo podatkov, temveč tudi tehnična jamstva, ki otežujejo pretirano zbiranje in profiliranje podatkov.