Портфейлът EUDI е проектиран така, че защитата на данните не се основава единствено на доверие, а е защитена с технически механизми. Целта е да се гарантира, че потребителите споделят само информацията, която действително е необходима за конкретен случай на употреба.

За тази цел се използват съвременни криптографски методи, като например доказателства за нулево знание. Например, възможно е да се докаже, че дадено лице е навършило 18 години, без да се разкрива действителната му дата на раждане. Услугата получава само необходимото доказателство, но не и основните лични данни.

В много случаи на използване оригиналните данни остават в портфейла EUDI на устройството на потребителя. Платформата, която подава заявка, има технически достъп само до информацията, която е била изрично разрешена.

В резултат на това портфейлът EUDI предлага не само организационни мерки за защита на данните, но и технически гаранции, които затрудняват прекомерното събиране на данни и профилиране.